击败彩虹火箭队后，可优先完成神兽和究极异兽的捕捉任务，再推进主线剧情。

首先前往水晶市百货大楼三层，购买足量的精灵球和等级球，为后续捕捉做好物资准备。随后前往大木府邸，进入后即会遇见大木博士，其将立即启程前往锦标市，无需额外对话或等待。

进入大屋府邸底层右侧房间，和调查员对话，获取《究极之书》。该道具启用后，可在调查员处直接选择并传送至书中标注的全部究极洞窟位置。

利用究极之书，首先进入魔幻森林，分别在左右两侧区域捕捉哲尔尼亚斯和伊菲尔塔尔。接着传送至沙漠遗迹，此处可捕获掌握“龙之舞”的闪光烈咬陆鲨。

前往雪花市螺旋塔，分两路进入：右侧塔层可捕捉莱希拉姆，左侧塔层可捕捉捷克罗姆。随后传送至满月岛中心位置，捕捉美梦神。

返回大屋府邸，进入终结洞窟。洞窟正上方区域可捕捉基格尔德核心形态。随后分两次进入：第一次进入右上角分支洞窟，拾取最多面体；之后从头通过究极之书传送至右下角洞窟，捕捉掌握“双重头槌”的化石翼龙。

最多面体具备四项功能。若需将七个基格尔德核心融合为完全体形态，需消耗50个Z细胞。Z细胞可通过开始拓区体系稳定获取。融合完成后，基格尔德还可习得数种高威力唯一技能。

再次返回大屋府邸底层，和调查员对话，传送至巨人洞窟，捕捉裸装球形态的雷姆。随后前往深海区域，在指定位置捕捉深海王子玛纳菲。从该区域左上角洞窟离开，抵达海岛。若背包中持有10个Z纯金，即可进入初次遭遇奈克洛兹玛的山洞，触发独特感应事件。

进入右上角洞窟，击败另一时空的扎尔博后，穿梭究极洞窟，成功捕捉奈克洛兹玛。捕捉完成后，可拾取两个融合器：雷欧融合器和黄昏之钟融合器。

返回大屋府邸底层，取出奈克洛兹玛，运用雷欧融合器和其融合，生成雷欧奈克洛兹玛形态。随后为其装备黄昏之钟，在战斗中运用该道具，即可进化为光辉大神形态。

进入尼贝尔山洞，捕捉波尔凯宁。其余未在此流程中提及的神兽，均已在前期寻觅中解开并可捕捉；唯有一只神兽需击败柴火后方可解开——前往废弃船第二层，从指定房间潜水下行，进入隐藏水下通道，即可捕捉黑暗洛奇亚。

究极异兽需运用究极球或大师球捕捉。出发前可和特定NPC对话，不收费获取5个究极球。具体分布如下：木水镇究极洞窟内可捕捉电束木；十字洞窟深处究极洞内可捕捉恶死大王；卡利隧道究极洞内可捕捉紫；流星瀑布究极洞内可捕捉雷蕾丝；飞锡道馆右下角水滩究极洞内可捕捉喷头小丑；松城火山顶层究极洞内可捕捉弗洛美堂；和调查员再次对话后可获取毒贝比；浅滩洞穴深处究极洞内可捕捉铁火辉夜。

全部究极异兽捕捉完毕后，前往水银寺码头乘船，途中将遭遇雅西达，并获取对战开拓区船票。登船后进入轮船厨房，拾取水箭龟超进化石。随后进入船舱房间连续休息两次，抵达凯纳市。和对应NPC对话后，即可进入对战开拓区。

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