完成白银山剧情后，可返回大奥府邸进行全员集合，为后续讨伐彩虹火箭队做准备。在正式挑战彩虹火箭队之前，必须击败全部18位霸主，并集齐18枚Z纯晶。

由于霸主生活值极高，需提前做好针对性准备：前往橙华市左侧草丛，运用梦境球捕捉一只拥有“胆量”特性的傲骨燕；将其等级提高至100级。在此经过中，傲骨燕将进化为大王燕，并习得招式“蛮干”。该技能效果为：运用后，目标剩余HP等于运用者当前HP，是应对弱丁鱼群等独特霸主的决定因素手段。

随后前往木水镇，通过努力值训练将大岩蛇的速度努力值提高至满值；同时给米可利获取硬纸板。注意，111号道路存在未触发剧情，需先和格拉吉欧对话，使宝可梦学会“秘密之力”；对大树或坑洞运用该招式，即可建造秘密基地。霸主位于基地正中心，进入后触发战斗。

首处霸主为弱丁鱼鱼群，运用“蛮干”技能即可高效削减其血量，击败后获取水Z。

清理背包道具，确保九神晶栏位充足，前往卡那兹市。在卡那兹市上方水域的洞穴中运用“秘密之力”，抵达中心区域，击败重力王马，获取地面Z。

继续冲浪至左上方洞窟，运用“秘密之力”进入中心区域，击败九尾，获取冰Z。

给上移动至左上角树木位置，此处存在两名霸主：右侧为中野狼人，击败后获取岩石Z；左侧为川左熊，击败后获取格斗Z。

前往115号道路右上角洞窟，击败嘎啦嘎啦，获取火Z。

再前往下方洞窟，运用“秘密之力”进入中心区域，击败冲嘴大鸟，获取飞行Z。

骑乘音速自行车登上陡坡，进入对应洞窟，运用“秘密之力”后，在PC界面选择装饰品并装备硬纸板，铺设于坑洞表面；随后抵达中心区域，击败拉达，获取恶Z。

运用飞空术前往秋叶镇，在左侧水域位置对大树左侧运用“秘密之力”，为左侧坑洞铺设硬纸板，触发霸主战斗，击败迷你Q，获取妖精Z。

从秋叶镇右侧草丛出发，进入山洞，运用“秘密之力”，击败猫鼬探长，获取一般Z。

前往老奶奶家旁山坡，进入其中击败战尾鳞甲龙，获取龙Z。

抵达沙漠右侧山洞，运用“秘密之力”进入中心区域，击败巨甲舞者，获取钢Z。

飞往紫锦寺，先至自行车店兑换越野自行车；随后从右侧出发，在前往阴云寺途中改用冲浪抵达指定位置，击败焰后西，获取毒Z。

直接飞往阴云寺，沿左侧119号公路冲浪下行，在该位置运用“秘密之力”，击败创伤王，获取暗Z。

攀爬台阶后，运用越野自行车停靠于左侧树洞前，进入后击败敲龙炮虫，获取电Z。

前往音乐室左下方草丛，击败四杀宝爷，获取幽灵Z。

抵达茵郁市右侧区域，击败蓝螳花，获取草Z。

继续南下，在前往水帘市途中的山洞内运用“秘密之力”，一路前行至尽头，触发霸主战斗，击败聪明星，获取超能力Z。

至此，全部18枚Z纯晶收集完毕。返回木水镇洞窟，和各地区冠军对话，可获取对应补给品。随后在指定位置和博士对话，正式触发彩虹火箭队主线剧情，开始最终讨伐作战。

若在挑战霸主经过中因背包空间不足导致Z纯晶未被拾取，可前往大吾府邸右侧的作者之家，和特定NPC对话，刷新已击败霸主的掉落情形，从头挑战即可再次获取对应Z纯晶。

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