该版本新增了原创超进化精灵，如沙罗曼、轰雷金刚、心闪翼、王牌等，丰盛了超进化体系。超进化石的获取方法具有明确的剧情和任务途径。

完成枯叶市主线剧情后，可前往右侧地图区域，承接“寻找10只地鼠”的支线任务。该任务地点被设计为大型地鼠洞穴迷宫，途径结构复杂。玩家需在洞穴中逐一定位并交互全部10只地鼠，完成后即可从指定NPC处获取部分超进化石，其中包括沙罗曼的超进化石。

若在搜寻经过中遗漏最后一只地鼠，可通过游戏内置机制（如穿墙功能）辅助寻觅。开始穿墙后，可突破地形限制，在隐蔽角落发现未触发的地鼠位置，从而补全任务目标。

获取沙罗曼超进化石后，需前往华莱士右侧的岩山隧道。隧道内部采用动态视野机制：仅当激光机关被点亮时，对应区域才可见；未点亮区域处于黑暗情形。启用“视野最大”选项可一次性照亮整座山洞，大幅降低寻觅难度。隧道内存在隐藏通路，需留意特定位置的可通行缝隙，方能抵达出口。

抵达紫苑镇后，宝可梦塔初始阶段无法进入高层。离开镇子时将再次遭遇特定训练家，击败后可获取超进化手环及多枚超进化石，包括轰雷金刚、心闪翼和王牌的唯一超进化石。

王牌超进化形态具备完整建模和战斗特效，其外观设计和动作表现均体现较高完成度。

前往玉虹市需穿梭发电厂区域。该区域配置四组密码锁，每组密码对应一台终端设备。玩家需观察设备上亮起的数字或字母标识，记录其颜色和位置顺序。后续密码逐步引入大致写字母组合，增加识别难度。获取全部四组密码后，仍需在迷宫中定位对应的输入终端，实现解谜和途径寻觅的双重结合。通关途中可获取紫玉剑作为奖励道具。

玉虹市游戏厅内为火箭队基地，需乘坐电梯抵达板木所在楼层。电梯密码为一道数学逻辑题，题干提示涉及数字位数关系和倍数条件。实际答案为809416。解题经过需配合迷宫寻觅和NPC交互，例如清空特定区域的火箭队成员后，需退出并从头进入以刷新阻挡途径的黑色区域；另有一处需借助滑行机制和NPC站位作为落点支点，方能跨越障碍。

击败板木后，可夺取其双斧战龙，并运用离动绳快速脱离战场。

玉虹市百货大楼提供1至90代全部进化道具，涵盖各类进化石、金属膜、更新钥匙等，玩家可直接购买所需道具以完成精灵进化。

草系道馆内设拼图挑战，机制较复杂。若选择常规解法，需按制度完成图案复原；亦可利用穿墙机制绕过拼图区域，直抵馆主对战位置。

返回紫苑镇调查宝可梦塔时，需领会楼层判定逻辑：塔内部分楼层存在视觉伪装，若进入非目标楼层，继续上楼将陷入循环途径。正确策略为——每次登楼前先确认当前楼层是否为预期楼层，并核对建筑布局和NPC位置是否和记忆一致；提议在决定因素节点提前存档，一旦误入错误楼层，可即时回档重试。依此方式可顺利抵达塔顶，解救富士老人，并获取宝可梦之笛。

前往浅红市前，需先返回枯叶市精灵之家和会长对话，获取自行车兑换券；再至华兰市完成兑换，获取自行车后，方可通行自行车道，最终抵达浅红市。

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