完成当前主线后，需返回会议厅给莉拉交付任务。随后前往室外和研究员对话，获取前往沙漠幻影塔顶层究极洞的许可。

进入沙漠幻影塔顶层的究极洞后，洞内栖息着一只爆机纹。穿过其身后的通道，即可抵达一片神奇森林。森林中心位置设有卡比兽阵，沿途径给下穿梭森林，最终到达绝望湖泊。此时可见扎奥博在湖畔鬼祟徘徊；其右侧湖泊下方存在一处定点闪光点，可遭遇岩兔儿。

返回原位置后给上行进，进入魔幻森林。森林内部通行途径为：上→右→左→下→下→左→左→右→右→下→下。按此顺序行进，即可抵达扎奥博所在区域。

该区域剧情包含连续两场反派对战。首战对手携带佩戴角质围巾的赫拉克罗斯，将其置于队伍首位，运用“超级角击”可实现高效压制，形成滚雪球式推进效果。第二战对手精灵等级为85级，凭借等级优势可轻松压制，无独特战略难点。

击败两名反派后，小智现身将训练家带离魔幻森林，并赠予第二只小星云。随后再次返回会议厅给莉拉交付幻影塔任务，再和研究员对话，开始最终究极洞任务——营救迷失于究极空间的磁虹。

出发前往流星瀑布前，需先至紫堇市自行车店兑换越野自行车。抵达流星瀑布处的究极洞入口后进入，洞中可见雷雷石。穿过其身后通道，抵达白银山区域。

白银山第一层某处存在定点闪光喷火龙。进入第二层后，从左侧瀑布运用冲浪技能上行，进入洞窟。洞窟内可见喷火龙叉石。返回第二层后沿楼梯给上，进入前方洞窟深处，可遭遇另一空间中的赤红，需和其对战。

赤红首发为皮卡丘，主推为雷欧配备角金围巾，运用“灵魂之牙”实现先手秒杀。随后派出超进化喷火龙，及时替换低耐久的炮灰精灵，再上场沙奈朵。虽然喷火龙抗性较强，但难以承受沙奈朵两次“魔法闪耀”，倒下后赤红派出耿鬼。此时替换赫拉克罗斯上场，运用“地狱突刺”可一击制胜。

赤红后续派出卡比兽，“地狱突刺”对其无效，需舍弃情形不佳的沙奈朵，再次上场赫拉克罗斯并运用“灵魂斩”，实现双倍克制。赤红连续运用三次回复药延缓卡比兽倒下，最终仍被击败。面对超梦时，上场猎金鹰运用“杂技”补充伤害，再换雷欧运用“流星闪冲”完成割菜。赤红最后派出成龙，雷欧连续两次“流星闪冲”即可将其击败。

击败赤红后，重返白银山第二层，改由右侧瀑布冲浪而上，穿梭洞窟抵达半山腰。连续通过两个洞窟后，抵达一处究极洞位置，运用越野自行车跳跃触发机关石，可遭遇定点闪光翘音猴。

随后进入左侧洞窟，持续穿行，最终登顶白银山，直面真正的磁虹。其首发皮卡丘会运用“击掌奇袭”，第二回合即运用“灵魂之牙”将其秒杀。利用速度优势，对后续上场的喷火龙再施放一次“灵魂之牙”，削减其约半血量，再由赫拉克罗斯完成割菜。

赤红随后派出妙蛙花。因岩石系招式对其效果不佳，应立即替换伊布上场以最小化损失。接着派出烈金英，运用两次“杂技”击败妙蛙花；第三次“杂技”重创水箭龟。当前队伍中仅沙奈朵适配水箭龟，但“魔法闪耀”伤害不足，改用“灵魂强念”更稳妥。水箭龟倒下后，赤红派出卡比兽，一发“泰山压顶”可击倒沙奈朵。

鉴于赤红剩余两只精灵（卡比兽和成龙）均弱格斗系，直接上场赫拉克罗斯，运用“近身战”依次击败二者。成功击败赤红后，磁虹得以回归现实全球，最终究极洞任务宣告完成。

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