火箭队事件平息后，主角和皮卡丘回归初始情形，以关都联盟冠军为目标继续前进。此次挑战目标为华金市超能系道馆，由娜姿担任馆主。

原规划凭借皮卡丘的高等级优势速胜，但娜姿派出的首只宝可梦即令人意外——其全部宝可梦等级均和皮卡丘持平。虽然娜姿的宝可梦具备高爆发输出能力，但超能系宝可梦普遍耐久偏低。皮卡丘利用速度优势压制对手，逐个击破，最终成功获取第五枚道馆徽章。

随后，主角离开黄金市，沿紫苑镇下方水域南行，翻山涉水历时七日抵达浅红市。在浅红市原野区深处拾得一副金假牙；于附近小屋中结识一位精通冲浪技能的训练家，习得冲浪术。

离开云野区后，主角将金假牙交予云长，云长欣然接受，并传授怪力术。掌握该技能后，主角挑战浅红市毒系道馆并获胜，取得第六枚道馆徽章。

壹个月后，主角重返真新镇，运用冲浪术前往红莲岛，故事多轮对战后击败火系道馆馆主，获取第七枚道馆徽章。

关都地区第八座道馆位于常磐市。此前因馆主长期缺席，道馆处于关闭情形；但新鲜情报显示，馆主已于一月前回归，且以强力地面属性宝可梦为核心阵型。

主角携皮卡丘前往常磐市道馆挑战，却震惊发现：曾被通缉的火箭队组织已综合接管道馆，昔日首领坂木成为现任馆主。击败守门成员后，主角直面坂木。坂木坦言此地为其秘密据点，意图重建火箭队势力，并宣告将倾尽全力迎战。

此战中，坂木展现出压倒性实力。其地面属性宝可梦不仅属性克制皮卡丘，更兼具高耐久和精准战略配合。皮卡丘虽保有速度优势，但输出严重不足，难以突破防御；其余宝可梦亦在数回合内接连落败。最终主角战败，被逐出道馆。

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